黄头庙龟是大体型的龟，稚龟与成龟的差别较大，稚龟的背甲尾端有锯齿形状的分布，成龟逐渐消失，黄头庙龟背甲黑色，头部散落着黄色的斑点，比较容易辨认。
黄头庙龟的体形尺寸最多可达50多厘米长，最大体重可以超过二十公斤，头部散布着黄色的小杂斑点，眼眶黑色有黄色碎斑点，上颌中央呈“W”型，且具有细小的锯齿。头侧部无明显纵条纹。背甲隆起较高呈黑色，腹甲黑色到黄黑交杂，个别为淡黄色，四肢灰褐色，指趾间具蹼，尾适中。
庙龟头部为黑色，侧面及眼眶处有不规则的黄色横向条纹。背甲为黑色，龟龟整体呈椭圆形，幼体后缘略呈锯齿状，随着年龄的增长逐渐钝圆化。腹甲前缘平切，后缘缺刻。四肢为灰褐色，指(趾)间具蹼，有较强的游泳能力。尾部为肉灰色，长短适中。头较小，顶部呈黑色。
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