平背麝香龟是小麝香龟属里比较有特点的龟，麝香龟又被人们称之为蛋龟，主要的原因在于背甲像一枚鸡蛋的壳，但是平背麝香龟的背甲却没有那么明显的弧度，是呈扁平状的。
平背麝香是小型的淡水龟，背甲非常的平坦，两侧的斜坡形成了一个大于100度的角度。幼体时，斜面的角度与高度的比率大约为9.5：1。背部中央有一条比较钝的、不太明显的脊椎骨。背甲前端两侧的缘盾略微呈锯齿状，每块脊椎盾甲都与后方盾甲前端交迭，第1块脊椎盾甲比较的长，小型的淡水龟平背麝香龟的外观特征从不于第2块缘盾相接触，另外4块脊椎盾甲的宽度大于其自身的长度，第5块则向后方扩展。背甲的颜色为黄褐色和咖啡色，伴有黑色或咖啡色的斑点与条纹。
头部的大小适中，有不完全类似于钩状的上颚，在橄榄色头背部是完美的黑色网状条纹和斑点，在成体后有适度的扩大。某些成体的平背从鼻孔处到眼眶有着黄色的条纹，颈部有纵向的斑纹图案，条纹比较窄，不如虎纹麝香那么明显。下颚有一对触须，四肢有脚蹼，雄性尾巴粗而长，颜色一般为褐色。
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